За счёт федеральных и московских льгот МОЭЗ предоставляет инвесторам, локализующим и развивающим производство в Москве, самые выгодные условия. Они позволяют снизить расходы по платежам и налогам в федеральный и московский бюджеты до 30%. Так, например, Правительством Москвы вводится льготная ставка выкупа земельного участка — 1% от кадастровой стоимости. Действие ставки 0% по налогам на землю и транспорт продляется до 10 лет. В региональной части налога на прибыль устанавливается ставка 0% на первые 10 лет, затем 5% на последующие 5 лет, а далее будет применяться льготная ставка 12,5%.
Департамент науки, промышленной политики и предпринимательства города Москвы является отраслевым органом исполнительной власти города Москвы, осуществляющим функции по разработке и реализации государственной политики города в сфере промышленной, научно-технической и инновационной деятельности, поддержки и развития предпринимательства, формирования благоприятного инвестиционного климата, привлечения и сопровождения инвестиций, развития и определения направлений использования промышленных зон города Москвы.