Андрей Бугаенко родился в Саратовской области в семье военнослужащих. Высшее образование получил в Военной академии ракетных войск стратегического назначения им. Ф. Э. Дзержинского (ныне им. Петра Великого) по специальности «инженер-исследователь системотехник». Кандидат технических наук. В 2005 году защитил диссертацию в области повышения надежности и эффективности ИКТ-инфраструктуры и организации распределенных вычислений. Занимал различные инженерные, научные и руководящие должности на государственной службе. С 2007 года возглавил направление развития информационных технологий и информационной безопасности в ЗАО «Синтерра». Имеет государственные и ведомственные награды. Женат, воспитывает сына.
На посту заместителя генерального директора МТТ по информационным технологиям и бизнесу Андрей Бугаенко будет отвечать за развитие информационных технологий, организацию бизнес-процессов и инновационные разработки компании. О назначении стало известно 26 декабря 2011 года.
ОАО «Межрегиональный ТранзитТелеком» (МТТ) – оператор междугородной и международной связи. Компания основана в 1994 году для обеспечения взаимодействия между сетями операторов связи. МТТ предоставляет телекоммуникационные услуги и обеспечивает организацию взаимодействия более чем 300 сетей сотовых операторов и более 100 сетей операторов фиксированной связи в России между собой, с 50 зарубежными операторами. Все услуги предоставляются на базе мультисервисной сети национального масштаба, имеющей точки присутствия во всех регионах России.