Неопытные программисты часто пренебрежительно относятся к коду коллег и норовят переписать всё по-своему. Например, после потери связи с разработчиком большинство веб-сайтов перестают обновляться, пока не будет сделана совсем новая версия. Рефакторинг — это идея о том, что так делать нельзя, а надо постепенно улучшать существующее решение.
Если разработчик просит две недели на рефакторинг в не очень большом проекте, то скорее всего он собирается сделать прототип новой версии. Большие изменения безусловно создают риски, а делают ли они код лучше - бабушка надвое сказала.
Если менеджер получился из посредственного разработчика, который быстро что-то клепал, а потом пошёл на повышение, то, возможно, он писал код, в котором ничего толком не работает и который следует выбросить. В этом случае он будет под рефакторингом понимать переписывание.